O Projeto subdivide em cinco módulos de atividades: oficinas de sensibilização, oficinas com temas específicos, oficinas de aprofundamento, seminários de avaliação e a tarefa final formulação e execução de um “Projeto de Intervenção” de acordo com a necessidade do público beneficiado de cada profissional. Para participar do Projeto, os municípios devem apresentar estrutura de atendimento de crianças e adolescentes, com Conselhos instalados e em atividade.

O objetivo do Projeto é formar educadores sexuais, ou seja, pessoas sensibilizadas que abordem a sexualidade com clareza, de forma sadia, despidas de preconceitos e tabus. Para os profissionais é incentivado que os assuntos afins permeiem todo o conteúdo escolar de forma que sejam tratados nas aulas de biologia, matemática, português, ciências, assim como é recomendado pelo Parâmetro Curricular Nacional (PCN).

Dessa forma, o Deixando Marcas, contempla uma das diretrizes estabelecidas no Plano Nacional de Enfrentamento da Violência Sexual Infanto-Juvenil, a qual propõe que os profissionais que trabalham em programas de atendimento devam passar por capacitações teórica e metodológica.